Das Museumsarchiv verwahrt eine konzentrierte Auswahl von Schriftbeständen des historischen Kommunalarchivs der alten Gemeinden Feldkirchen (bis 1947) und Waiern (bis 1945). Es wird seit 1993 im so genannten Türkenturm unter Berücksichtigung der gesetzlichen Sperrfristen ständig erweitert.

Außer den bisher elektronisch erfassten 5600 Archivalien stehen den Besuchern an Freitagen von 15 bis 17 Uhr (außer Juli und August) in einem gesonderten Bildarchiv 2700 Bildnummern, vorwiegend Fotos, zur freien Einsicht zur Verfügung. Aufliegende Gestionsbücher, ein Zentesimalregister, ein Namenkatalog und die elektronische Suchmaschine erleichtern das Auffinden der gesuchten Fotos und Schriften. In einer kleinen Wandvitrine rotieren 10 Münzen aus der Zeit Maria Theresias, die im Jahr 2006 aus dem Sockel der Dreifaltigkeitssäule des Hauptplatzes geborgen wurden.